Beschrijving. Het Ion Personal Genome Machine (PGM)-systeem combineert halfgeleidersequencingtechnologie met natuurlijke biochemie om chemische informatie rechtstreeks om te zetten in digitale gegevens, waardoor sequencing toegankelijk wordt voor uw laboratorium. Dit gevestigde systeem maakt gebruik van de exponentiële vooruitgang in de halfgeleiderindustrie (bekend als de wet van Moore) om schaalbaarheid en flexibiliteit voor verschillende toepassingen te bieden. Het Ion PGM-systeem maakt gebruik van natuurlijke sequencing-chemie, waardoor de noodzaak voor dure optica wordt geëlimineerd en de complexe chemie voor het meten van de natuurlijke DNA-expansie wordt verminderd. Het systeem maakt gebruik van directe, realtime sequencing-detectie en levert doorgaans sequencing-resultaten binnen 3 tot 7 uur. Processor: Dubbele 6-core 2,66 GHz-processors. Capaciteit: 1 chip per run. Chipcompatibiliteit: Ion 314 Chip v2 BC, Ion 316 Chip v2 BC, Ion 318 Chip v2 BC. Stroomlimiet: 6,7A (max). Gegevensuitvoer: BAM-bestanden, FASTQ-bestanden, SFF-bestanden, VCF-bestanden. Displayinterface: gebruikersinterface met aanraakscherm. Externe computer: torrent-server. Compatibiliteit met hoge doorvoer: Compatibel voor multiplexen met hoge doorvoer. Geheugen: 48 GB RAM, acht harde schijven van 2 TB in RAID 5. Besturingssysteem: Ubuntu 10. 04 Editie: Ion 314 Chip v2: maximaal 100 Mb, Ion 316 Chip v2: maximaal 1 Gb, Ion 318 Chip v2: hoger tot 2 GB Lees Lengte: 35-400 basen (gemiddeld: 200 basen). Lezen/uitvoeren: Ion 314 Chip v2: 400-500 duizend, Ion 316 Chip v2: 2-3 miljoen, Ion 318 Chip v2: 4-5,5 miljoen. Looptijd: Ion 314 Chip v2: 2,3 tot 3,7 uur, Ion 316 Chip v2: 3,0 tot 4,9 uur, Ion 318 Chip v2: 4,4 tot 7,3 uur. Sequentieschaal: 3 Mb tot 2 Gb. Techniek: Nachtlichtionenhalfgeleidersequencing. Doorvoer: tot 2 Gb per run. Spanningsbeperking: 100V (min) tot 240V (max). Afmetingen (H x B x D): 530 x 240 x 200 mm. Gewicht: 30 kg. Het Ion OneTouch 2-systeem voert sjabloonversterking en -verrijking uit als onderdeel van de handmatige workflow voor de Ion PGM-, Ion Proton- en Ion S5- en Ion S5 XL-systemen. Het biedt schaalbare sjabloonvoorbereiding voor alle ionenhalfgeleiderchips. Door het geringe ruimtebeslag past het systeem gemakkelijk op iedere werkbank. Het Ion OneTouch 2-systeem integreert meerdere handmatige sjabloonvoorbereidingsstappen in één systeem. Hierdoor kunnen meerdere monsters per dag parallel worden verwerkt door middel van een modulair ontwerp. Het is flexibel en ondersteunt schaalbare sjabloonvoorbereiding voor alle Ion-halfgeleidersequencingchips met maximaal 400 bases op de Ion 520/530-chips, tot 200 bases op de Ion 540-chip, tot 400 bases op het Ion PGM-systeem en tot 200 bases op de Ion PGM-chip. gebaseerd op het Ion Proton-systeem. De behoefte aan gas wordt geëlimineerd door een peristaltische pomp te gebruiken. Chipcompatibiliteit: Ion 314-chip, Ion 316-chip, Ion 318-chip, Ion PI-chip. Compatibiliteit met hoge doorvoer: geautomatiseerde protocollen die compatibel zijn voor multiplexing met hoge doorvoer. Bibliotheektype: Fragmentbibliotheek, Pair Mate-bibliotheek, Target Sequencing-bibliotheek, cDNA-bibliotheek. Multiplexmogelijkheid: Tot 384 barcodebibliotheken. Runtime: hands-on tijd: minuten, Ion PGM-systeem: totaal 5 uur voor sjabloonvoorbereiding